Temel Bilimler Bölümü, Mersin Üniversitesi Denizcilik Fakültesi yerleşkesinin merkez yerleşkeye uzak olması nedeniyle denizcilik alanında gereksinim duyulan, Fizik, Kimya, Matematik, Temel Hukuk gibi servis derslerinin, Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği ve Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği ve Denizcilik İşletmeleri Yönetimi bölümlerinde sağlıklı bir şekilde verilebilmesi amacını taşımaktadır. Temel servis derslerinin verilmesinin yanı sıra Bölümün denizcilik ile ilgili araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde bulunması öngörülmektedir. Temel Bilimler Bölümü'ne lisans öğrencisi alınması düşünülmemektedir.