Mersin Üniversitesi Denizcilik Fakültesi misyonu; evrensel değerlerle donanmış, bilime ve topluma katkı sağlayan, çevreye duyarlı, araştırmacı,  sorgulayıcı, liderlik becerilerine sahip, sosyal sorumluluk bilincini taşıyan, analitik düşünen, takım çalışmasına yatkın, deniz örf, adet ve geleneklerine sahip; denizcilik alanında yetkin meslek insanları, sektörel elemanlar ve yöneticiler yetiştirmektir.