Gıda Mühendisliği Proğramı,  Mühendislik Fakültesi'nin bir bölümü olarak 1993 yılında kurulmuştur.  Öğrenimine 1993-1994 yılında 21 öğrenci ile Mersin Metropol binasında başlamıştır. 1994-1995 öğrenim yılında Üniversitenin Çiftlikköy kampüsündeki Mersin Meslek Yüksek Okulu binasının bir kısmına taşınmıştır.  1994-1997 yılları arasında eğitim ve öğretim Mersin Meslek Yüksek Okulu'nun derslik ve laboratuarlarında devam etmiştir. 1996-1997 öğrenim yılı; inşaatı aynı yıl tamamlanan Mühendislik Fakültesi Derslik Bloğunda bölümümüze ayrılan bir sınıfta tamamlanmıştır. Halen aynı binada 3 adet derslikte eğitim-öğretim devam etmektedir.  Laboratuar uygulamaları ve araştırma çalışmaları, yapımı 2003 yılında tamamlanmış olan Laboratuar Binasında Bölümümüze ait 18 laboratuarda yürütülmektedir. Bölüm, lisans öğrencilerine fiziksel, kimyasal ve biyolojik bilimlerle birlikte; gıdaların işlenmesi, saklanması, taşınması, yeni gıdaların üretilmesi ve geliştirilmesi konusunda bilgi ve beceri kazanabilecekleri bir program sunmaktadır. Bölümün Mersin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı altında yüksek lisans ve doktora programları bulunmaktadır. Bölümde kurulduğu yıldan bu yana yüksek lisans öğrenimi verilmektedir, doktora programı açma yetkisi ise 14 Ekim 2002 tarih ve 2147 sayılı YÖK kararı ile alınmıştır. 2011-2012 değerlendirme döneminde MÜDEK Mühendislik Eğitim Programları Akreditasyon (MAK) tarafından  genel değerlendirmesi yapılan Gıda Mühendisliği lisans programına 1 Mayıs 2012 tarihinden itibaren, 30 Eylül 2017 tarihine kadar geçerli olmak üzere akreditasyon ve 1 Mayıs 2012 tarihinden itibaren 30 Eylül 2017 tarihine kadar geçerli olmak üzere EUR-ACE etiketi verilmiştir. Gıda Mühendisliği lisans programı 2011-2012 öğrenim döneminde zorunlu hazırlık sınıfı ve %30 İngilizce eğitime geçmiştir. 

Gıda Mühendisliği Bölümünün vizyonu; sanayi ile uygulamaya yönelik araştırma projeleri yürüten, uluslar arası düzeyde tanınmış eğitim-öğretim programına sahip olan, yaptığı araştırmalar ile uluslar arası düzeyde ses getiren, uluslar arası kurumlar ile öğrenci, öğretim elemanı değişimini ilerleten ve ortak projeler yürüten; ulusal ve uluslar arası arenada alanında cazibe merkezi haline gelen bir kurum olmaktır. Gıda Mühendisliği Bölümünün misyonu; gelişen gıda teknolojisi ve bilimine paralel eğitim programlarının oluşturulması, kendine güvenen, analitik düşünce yapısına sahip, sorun çözebilen gıda mühendislerinin yetiştirilmesi, daha kaliteli ve güvenli gıda üretimi için teknoloji geliştirilmesi, üretilen bilgi ve teknolojinin bölgeye, ülkeye ve dünyaya aktarılmasının sağlanması ve nitelikli akademisyen yetiştirilmesidir.