Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununa 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunun 25. maddesi ile eklenen ek madde 10 ile kurulmuş, 17.04.1998 tarihinde kurucu dekan atanması ile Mersin Metropol İş Merkezinde faaliyete geçmiş ve 1998-1999 eğitim-öğretim yılında eğitime başlamıştır. Sağlık Bakanlığı ile YÖK Başkanlığı arasında 22.11.1996 tarihinde imzalanan protokol gereği Sağlık Bakanlığı’na bağlı Mersin Sağlık Meslek Lisesi Binası 1998 yılı sonunda 20 yıllığına Mersin Üniversitesi’ne devredilmiş ve 15.03.1999 tarihinden itibaren 200 yataklı hastane ve 1.500 m²’lik poliklinik binası ile Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi olarak hizmete açılmıştır.

Büyük bir kısmı üniversitemize devredilen Mersin Yenişehir PTT Tesisleri yapılan tadilatlardan sonra 17.02.1999 tarihinde Mersin Üniversitesi Yenişehir Kampüsü olarak hizmete açılmış ve 1999 yılının Haziran ayında Tıp Fakültesi Dekanlığı ile Temel Tıp Bilimleri Bölümü bu kampüste yer alan kendine ait binaya taşınmıştır.

Fakültemiz 1998–1999 eğitim-öğretim yılında 28 öğrenci almış, bu öğrenciler eğitimlerinin ilk 3 yılını Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde, sonraki yılları ise fakültemizde tamamlamışlardır. Fakültemiz 1999–2000 eğitim-öğretim yılında 28 öğrenci ile kendi bünyesinde eğitim-öğretime başlamıştır.

Fakültemiz Temel Tıp Bilimleri Bölümü ve Dekanlık 2013 yılında, Sağlık Araştırma ve Uygulama Hastanesi ise 2014 yılında üniversitemizin merkez kampüsü olan Çiftlikköy Kampüsü’ndeki yeni binalarına taşınmıştır.

Uyguladığımız tıp eğitimi ile araştırma ve uygulama hastanesinde verdiğimiz sağlık hizmetini sürekli iyileştirerek sunmak için başlattığımız Kalite Yönetim Sistemi çalışmaları, 30.10.2003 tarihinde TS- EN-ISO 9001:2000 standardına uygun TSE Kalite Yönetim Sistemi Belgesi’nin alınması ve devamında yapılan iç ve dış tetkikler sonrasında 08.02.2007’de belge yenilenmesi ile sonuçlanmıştır. Fakültemizin 30.10.2003 tarihinde aldığı TSE-ISO-EN 9001-2000 Kalite Yönetim Sistemi Belgesi 29.01.2013 tarihinde tekrar yenilenerek TS-EN-ISO-9001-2008 Kalite Yönetim Sistemi Belgesi ile devamlılığını sağlamıştır.

Fakültemiz Tıp Eğitimi Programlarını Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği’nin (TEPDAD) Ulusal Tıp Eğitimi Akreditasyon Kurulu (UTEAK) tarafından mezuniyet öncesi tıp eğitimi yönünden 23-25 Eylül 2012 tarihleri arasında değerlendirilerek, 01.01.2012 tarihinden 01.01.2018 tarihine kadar geçerli olmak üzere akredite edilmiştir. 22-23 Aralık 2014 tarihinde UTEAK tarafından yapılan ara değerlendirme başarılı bir şekilde sonuçlanmıştır.